En relación al primer aspecto, el Ejecutivo comunitario denuncia que la menos 39 localidades españolas con más de 10.000 habitantes continúan vertiendo aguas residuales urbanas sin tratar en zonas sensibles, mientras que la normativa europea indicaba que estas poblaciones debían contar con sistemas de depuración a partir de 1998.

Bruselas lanzó un ultimátum en diciembre de 2008 y "desde entonces, España ha realizado progresos, pero 13 años después del plazo, el grado de cumplimiento global es pobre". Así, la Comisión señala que estas aguas pueden contener virus y bacterias dañinas, por lo que constituyen un riesgo para la salud pública.

En referencia a las cuencas hidrográficas, la normativa de la UE obligaba a los Estados miembros a publicar un plan de gestión por cada una de ellas como muy tarde el 22 de diciembre de 2009. De los 25 planes que debe adoptar España, hasta la fecha sólo tiene aprobado el de gestión del distrito de cuenca fluvial de Cataluña.

Como estos planes no han sido adoptados un año y medio después del vencimiento del plazo, y ello pese a varias advertencias, la Comisión ha decidido llevar el caso ante el Tribunal de Luxemburgo, alegando que la demora no está en consonancia con el objetivo de la directiva marco del agua de que los ríos europeos alcancen un buen estatus ecológico y químico en 2015.