Las aguas residuales procedentes del procesamiento del café contienen residuos orgánicos con una alta toxicidad que afectan al suelo y generan emisiones significativas de gases de efecto invernadero.  En 2010 UTZ Certified inició un proyecto en América Central para abordar el deterioro ecológico que causan estas aguas.

En Latinoamérica más del 70% del agua utilizada en las fincas cafetaleras se devuelve sin tratamiento alguno a los ríos a pesar de la gran cantidad de residuos orgánicos y tóxicos que contiene. Los daños causantes por este proceso a la flora y fauna acuática impulsaron a  UTZ Certified a emprender una iniciativa para la agricultura sostenible en Centroamérica.  En Nicaragua, Honduras y Guatemala existen ahora 19 cafetaleras trabajando bajo un modelo piloto llamado Proyecto de Energía de Aguas Residuales del Café con mecanismos de tratamiento de aguas y residuos sólidos hechos a medida para provocar un impacto ambiental positivo así como económico.

Este proyecto tiene como objetivo evitar que el agua contaminada regrese a los ríos y generar energía a partir de los residuos derivados de la producción de café. Por el momento la implementación ha avanzado positivamente en los distintos tamaños de zonas agrícolas. El agua involucrada en el proceso se ha reducido hasta en un 50%, además de disminuir la emisión de gases de efecto invernadero redirigiendo éstos hacia los hogares donde lo emplean para cocinar  y evitando de este modo también la deforestación de la zona.

La producción del café depende en gran medida de la disponibilidad de agua, por esta razón la sustentabilidad del café sólo se puede lograr cuando el agua es empleada eficientemente y se trata de forma correcta antes de devolverla al medio ambiente. UTZ Certified planea extender el proyecto a otros países como Brasil y Perú, además de a pequeñas localidades en Asia y en África.